الفسطاط موضع جدل الآن أطرافه وزارة الآثار، محافظة القاهرة، أجهزة أخري، والسبب عدم توحد الأطراف المشرفة علي الأثر في جهة واحدة، المنشآت الأثرية تتبع الآثار، الطرق تتبع المحافظة، إذا كانت الآثار الإسلامية فالشعائر ومن يقوم بها تتبع الأوقاف. هذا الوضع لن ينتهي إلا بتوحيد جميع الاختصاصات في جهة واحدة حتي لا يتفرق الدم بين الأطراف التي من المفروض أنها تنتمي إلي حكومة واحدة، ما يجري من خلاف علني حول أرض الفسطاط نموذج حي علي ذلك. هناك أرض مجاورة لمتحف الحضارة الذي لم يفتتح بعد، جزء منها به شواهد أثرية، وجزء آخر مجاور لا توجد به شواهد. هذه المساحة وضع البلطجية ايديهم عليها بعد تضعضع الدولة إثر ثورة يناير ودبيب الوهن إلي مؤسساتها، خاصة الشرطة، استخدام البلطجية هذه الأرض لفرز مخلفات القمامة وحرق ما تبقي منها. بدأت محافظة القاهرة عدة خطوات تنفيذية لوضع حد لهذا، دخل الوضع في مرحلة كر وفر. أجهزة المحافظة تتحرك بقرار من الدكتور جلال السعيد وهو عالم محترم ومثقف ويعرف تماما ماذا تعني الآثار، يتم إزالة المخلفات فيعود البلطجية من جديد، يتم توجيه خطابات رسمية إلي وزارة الآثار لاستلام الأرض ولكن لا شيء يحدث. اضطر المحافظ إلي التنسيق مع الداخلية، تدخلت قوات الشرطة لإزالة المخلفات وإبعاد البلطجية وتم القبض عليهم، قامت المحافظة بإنشاء سور وبوابة حتي لا يتم الاستيلاء علي الأرض مرة أخري.
وضعت خطة لرصف الطرق المحيطة بها، رئيس الوزراء ابراهيم محلب زار المنطقة، بدأ التخطيط لرصف الطريق من جامع عمرو بن العاص إلي الكنيسة المعلقة وقصره علي المشاة. انه استكمال للمشروع الذي بدأه ممدوح البلتاجي وزير السياحة الأسبق وتم خلاله إنشاء سوق الفسطاط الذي صممته المعمارية الكبيرة مني زكريا. وقد جاء هذا السوق متناسقا مع المنطقة حتي يبدو كأنه أثر قديم بعكس جامع عمرو المجاور الذي يبدو كأنه بناء حديث مع انه أول مسجد في افريقيا ويرجع ذلك إلي أسلوب الترميم والذي كان أقرب إلي إعادة البناء، المشروع الجديد الذي تتبناه المحافظة رصد له مبلغ خمسون مليون جنيه، وهذه المنطقة لا مثيل لها في العالم، إذ تضم آثارا من عصور مختلفة متعاقبة ومدينة قبطية قديمة لا مثيل لها في العالم. وأهم أول مسجد في افريقيا »عمرو بن العاص« و«الكنيسة المعلقة» أقدم وأجمل كنائس العالم، ومعبد بن عزرا أقدم المعابد اليهودية، ما تأكدت منه ان المحافظة لن تقيم أي بناء ولن تنشئ أي حديقة فوق الأرض التي اغتصبها البلطجية وتم استردادها، المهم ان تتقدم وزارة الآثار وتجري حفرياتها وتنسق مع المحافظة والجهات الأخري ذات الصلة بدلا من توجيه الاتهامات أو بث معلومات مغلوطة، ويعكس هذا ظاهرة لا تبدو إلا في مراحل الضعف، الصراع بين مؤسسات الدولة الواحدة، وهذا ما يجب حسمه.